从c#代码中激活conda环境(或者手动打开cmd和从c#中打开cmd有什么区别?)
我想使用conda环境(dlwin36)在Windows上运行GPU加速Python脚本. 我正在尝试激活dlwin36并执行脚本: 1)激活DLWIN36 2)设置keras_backend = tensorflow 3)python myscript.py 如果我在计算机上手动打开CMD并写下:"激活DLWIN36" 它有效. 但是,当我尝试从C#打开CMD时,我会得到: "激活不被识别为内部或外部命令,可操作程序或批处理文件." 我尝试使用以下方法: 命令链接: var start = new ProcessStartInfo(); start.FileName = "cmd.exe"; start.Arguments = "/c activate dlwin36&&set KERAS_BACKEND=tensorflow&&python myscript.py"; Process.Start(start).WaitFor
10 2024-04-19
编程技术问答社区
构建python conda配方时出错
在我获得有关如何参考我的bld.bat文件是: python setup.py install if errorlevel 1 exit 1 meta.yaml package: name: osrm version: 0.11.1 source: git_url: git@github.com/ustroetz/python-osrm.git requirements: build: - python - setuptools run: - python test: imports: - osrm about: home: https://github.com/ustroetz/python-osrm license: MIT license_file: LICENSE 运行conda构建OSRM/我会得到以下输出: PS C:\Users\Samuel\Desktop> con
14 2024-04-05
编程技术问答社区
当试图链接CXX可执行文件时,Kallisto构建一直失败
我对编码一般来说是非常陌生的,因此对于缺乏清晰度或简洁性的情况表示歉意.我正在尝试为Kallisto建立一个用于RNA序列对齐的构建,并且我被卡在" Make"阶段. Cmake在有点摆弄并下载CXX编译器后成功了,但是Make继续以错误状态退出: [ 27%] Built target htslib [ 93%] Built target kallisto_core [ 96%] Linking CXX executable kallisto /home/wahanson/miniconda3/bin/../lib/gcc/x86_64-conda_cos6-linux-gnu/7.3.0/../../../../x86_64-conda_cos6-linux-gnu/bin/ld: cannot find -lz collect2: error: ld returned 1 exit status make[2]: *** [src/CMakeFiles/kallisto.di
12 2024-04-05
编程技术问答社区
如何修复conda时" resolve packagenotfound"构建conda食谱
我从Github下载了Conda软件包,以进行一些修改,并希望在Conda环境中构建此本地软件包并测试我的更改.问题是食谱的构建失败了,因为conda有一个conda.exceptions.ResolvePackageNotFound错误,指出它没有检测到2个软件包,snakemake和fuzzywuzzy. . 这是meta.yaml文件: package: name: snakepipes version: 1.2.1 source: path: ../ build: number: 0 noarch: python requirements: build: - python >=3 run: - python >=3 - pandas - graphviz - pyyaml >=5.1 - wget - snakemake >=5.2.3 - fuzzywuzzy tes
12 2024-04-05
编程技术问答社区
在跨平台环境中管理conda环境
我的项目应该在跨平台环境(Mac,Win,Linux)上运行. 我创建了一个Conda Env,该Env管理我们的依赖关系以简化设置. 我想确保每个想更新ENN的人都可以做到这一点,但是当我尝试将ENV从Linux导出到YML文件时,它不能正确安装在Win或Mac,Vise,反之亦然. 我已经尝试做普通的事情: 1. conda env export> env.yml conda env create -name -f env.yml 2. conda env Export -no-Builds> env.yml 3. https://medium.com/@amet13/building-a-a-cross-platform-python-installer-using-inda-conda-constructor-f91b70d393 4. 5. https://github.com/esss/conda/conda-devenv/blob/ma
14 2024-04-04
编程技术问答社区
如何安装Bioconda软件包
这是一个常见问题的通用表述.我正在尝试从Bioconda安装软件包foo.我尝试: conda install -c bioconda foo 但是,这会导致不稳定的依赖关系,或者是否确实求解会导致在运行时会产生共享对象错误. 为什么不起作用,正确的解决方案是什么? 解决方案 Conda Forge必须优先考虑 BioConda通道在Conda Forge通道优先置于构建包装.这要求用户在安装BioConda软件包时同样优先考虑Conda Forge频道(请参阅 bioconda文档).也就是说,在安装时间指定通道的正确公式是: conda install -c conda-forge -c bioconda foo 其他注释 全局配置和Anaconda Bioconda频道建议用户在全球配置其频道以使Conda Forge优先. 全局生物结构配置(不适合Anaconda用户) conda config --add chan
22 2024-03-31
编程技术问答社区
无法在Mac上安装Bioconda软件包
第一次使用命令行,我正在尝试在Mac W/M1芯片上安装环境中的BioConda软件包(FastP和Bowtie1),但我不断遇到相同的错误: Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve. Collecting package metadata (repodata.json): done Solving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve. PackagesNotFoundError: The following packages are not available from current channels: - fastp
16 2024-03-31
编程技术问答社区
Conda Creation NGS环境,SRA-Tools FastQC Multiqc Samtools Bowtie2 Hisat2 subread
我无法轻松地使用包含我想要的NGS工具的Conda创建环境.我重新安装了康达(Conda)以开始新的开始,因为我在基本设想中有许多python套餐.我还借此机会安装了完整的Anaconda3,而不是我之前拥有的Miniconda,我有足够的空间. 尽管所有软件包都可以通过Bioconda获得,但我只能添加到ENV中的只有2个包是FastQC和MultiQC.在此之前,我可以使用Miniconda3在基本设备中安装SRA-Tools和fastQC. config: MacOS Monterey 12.1 M1芯片.从我的旧MacBook Air迁移,最早的时间机器BKP.我使用Anaconda-Clean过程卸载了Miniconda,此后,我还删除了我最初安装的python 3.9.5,我最初安装了1年前开始学习1年前,然后才知道Conda. . . 也需要提及,以防万一它可能会有所帮助: anaconda-navigator未安装anaconda3-2022.05-ma
12 2024-03-31
编程技术问答社区
MacOS下与Conda安装的问题14.1 M1
我正在尝试安装conda install -c conda-forge -c bioconda bakta 我得到错误: Found conflicts! Looking for incompatible packages. This can take several minutes. Press CTRL-C to abort. failed UnsatisfiableError: The following specifications were found to be incompatible with each other: Output in format: Requested package -> Available versionsThe following specifications were found
16 2024-03-31
编程技术问答社区
在windows上通过批处理安排一个Python脚本(使用Anaconda)。
我有一个我每天运行的脚本,想为其制定时间表,我已经尝试了一个批处理文件: start C:\Users\name\Miniconda3\python.exe C:\script.py 我能够在其中运行一些基本的python命令,问题是我的实际脚本使用了一些与anaconda安装的库,并且我无法在脚本中使用它们,因为Anaconda不会加载. 我在Windows上工作,找不到每天自动在那里自动运行我的脚本的方法. 解决方案 我直接通过环境调用Python有点谨慎,因为人们永远不知道激活功能的内部词是否已更改. 我只是在使用基本的蝙蝠标记来帮助我. SET log_file=%cd%\logfile.txt call C:\Anaconda3\Scripts\activate.bat cd \script_directory python script.py arg1 arg2 > %log_file% 此脚本在蝙蝠的运行范围内将日志文件保存,通过激
14 2024-03-29
编程技术问答社区
在Mac OS X上修改.bash_profile的Anaconda安装方法
我在Mac(Mojave)上安装了Anaconda,现在每当我启动外壳时,它都会自动激活Conda环境.这完全很好,直到我意识到我的.bashrc中的某些命令并未在启动时执行.特别是,我增加了历史化和历史记录,但它们似乎总是被困在其默认值为500的位置.谷歌搜索后,我了解到,由于我的Anaconda安装,我的.bash_profile是在启动上使用的,而不是我的.bash_profile. bashrc.这就是我的.bash_profile的样子(见下文),只是在我的.bash_profile的顶部添加我的.bashrc文件(例如,histFilesize = 100000)的命令似乎无能为力.关于我做错了什么的建议?谢谢! # Setting PATH for Python 3.7 # The original version is saved in .bash_profile.pysave PATH="/Library/Frameworks/Python.framework/V
22 2024-03-29
编程技术问答社区
如何在Bash中使用Conda
规格: 我使用python 3.8. 10 WSL Ubuntu Bash VS代码 项目:是Python 3.8.8 我已经安装了两种类型: me@PF2DCSXD:/home/me$ ls Anaconda3 Miniconda3 但是,当我键入conda: 时 me@PF2DCSXD:~$ conda ERROR: The install method you used for conda--probably either `pip install conda` or `easy_install conda`--is not compatible with using conda as an application. If your intention is to install conda as a standalone application, currently supported install methods include the A
16 2024-03-29
编程技术问答社区
如何显示不同 Anaconda 版本的 conda 环境名称(别名)?
我正在尝试向来自Minconda和Aanaconda的Conda环境展示名称(别名).目前,我的默认conda可执行文件来自miniconda. 对于某些背景,我在$HOME/packages/miniconda3中安装了Miniconda,并且在/opt/anaconda3/中安装了Anaconda(也许有更好的方法可以做到这一点,但这正是我正在从事的项目的安装最终发生的方式). $ conda env list # conda environments: # base * $HOME/packages/miniconda3 ai $HOME/packages/miniconda3/envs/ai test-project $HOME/packages/miniconda3/envs/test-project /opt/a
20 2024-03-28
编程技术问答社区
如何在bash脚本中找出conda是否已经在一台机器上可用?
我想创建一个bash脚本,以在conda中安装新的虚拟环境" ABC".但是,在我继续运行命令以创建此ENV之前,我想检查机器上是否已经安装了Conda.如果未安装,我想安装Miniconda,然后创建ENV" ABC".如果已经安装了Conda,那么我将继续创建环境. (所有这些都应该在同一脚本中发生) 我只想知道是否可以检查bash脚本中的conda的存在,然后继续安装? ''' #!/bin/bash //If it does not exist, I will run the below code mkdir -p miniconda3 wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -O miniconda3/miniconda.sh bash miniconda3/min
12 2024-03-28
编程技术问答社区
Windows cmd git bash: conda.sh没有这样的文件或目录(Windows行尾,缺少斜杠)。
我在Windows 10中工作,并在Anaconda和Git Bash上进行了新的安装.我决定将cmd.exe设置为默认控制台程序以使用git bash(而不是mintty),我认为我已经在unix样式字符与windows的问题上遇到了问题. 当我启动cmd bash时,请告诉我我找不到我的conda.sh文件: bash: C:UsersjoshuAnaconda3/etc/profile.d/conda.sh: No such file or directory 首先,看起来Bash缺少我的root Directory的默认Windows Slashes(" C:/users/joshu/").有人知道如何解决此问题吗? 谢谢 解决方案 我有完全相同的问题.在终端中运行~/.bashrc.转到给定的路径并纠正conda.sh路径. 在您的情况下,您将替换为C:\Users\joshu\Anaconda3/etc/profile.d/conda.sh
24 2024-03-28
编程技术问答社区
进入/离开目录时激活/停用conda virtualenvs
pyenv-virtualenv 提供一种很好的方式,可以提供一种激活环境的好方法输入或离开包含一个.python-version文本文件的目录非常瞬间,该文件指定要激活的环境.它适用于其所在的目录和其中包含的所有目录. 一旦将目录更改为上方的内容,环境就会停用.这允许使用不同的Python版本(仅通过更改目录)轻松切换项目或分析. . 是否有一种方法可以通过(ana)conda? 实现相同的行为 编辑:添加了bash标签,因为据我所知,Pyenv通过将自定义脚本挂载到.bashrc>中来实现这一目标(这使其可以监视目录更改).如果Conda中没有建筑方式,则如何创建一个可以使其成为可能的脚本? 解决方案 如我的评论中所述,目前不支持.但是,在与此同时,您可以使用从他们的读数中取出的一个简单示例,它很好地说明了该功能: $ echo "echo 'whoa'" > project/.env $ cd project whoa 为加载conda环境,您的.e
6 2024-03-28
编程技术问答社区
Conda安装环境(PyFerret)不成功
我尝试在我的Mac上安装pyferret.我的目标是能够在我的Jupyter笔记本或终端中致电Pyferret. 我最初使用以下命令从: a> 该网站建议将以下命令之一输入到终端: conda install -c conda-forge pyferret conda install -c conda-forge/label/broken pyferret conda install -c conda-forge/label/cf201901 pyferret 我没有仔细阅读说明并安装了其中三个.现在,我不知道如何卸载它们,因为下面的命令似乎无效: conda remove conda uninstall 这里的毕佛雷特安装似乎与这里描述的内容不同: conda create -n FERRET -c conda-forge pyferret ferret_datasets --yes 根据第二个链接应该足够,并且可以用 激活环境 conda activ
16 2024-03-28
编程技术问答社区
如何修改conda提示字符串内容
如何在不触摸正常提示的情况下编辑Conda提示的行为?我想保留Conda的Predent to-ps1行为,但要更改预先准备的字符串. 问题如何修改conda'side激活'ps1行为非常相似.但是,解决方案是将Conda前缀注入PS1和/或编辑PROMPT_COMMAND的中间.这打破了我想要的封装,并且当需要预先到ps1行为时,这是非常骇人的. 我的普通提示字符串看起来像这样: previous output previous output user@short-domain fullpath $ 这是我想要的行为,当时没有Conda环境活跃.随着Conda环境的活跃,这将变为: previous output previous output () user@short-domain fullpath $ 我不喜欢这如何消除上一个命令的输出和新提示之间的空白行.与我上面提到的问题不同,我特别想要(
22 2024-03-28
编程技术问答社区
设置使用Anaconda与VS Code和集成Git终端时卡住了
我想学习数据科学,因此使用了一些非常流行的python模块,喜欢pandas,matplotlib,numpy等.因此,我清洁安装anaconda,现在使用它作为我的默认Python解释器,还使用CONDA来安装conda来安装软件包和conda制作虚拟环境.我使用VS代码作为我的每日文本编辑器.但是,当使用Anaconda Python解释器中使用集成的GIT终端时,我遇到了一些问题. 我遇到了两个问题.我看到的第一个问题之一是当我使用CMD运行Python时.如果我在CMD中键入并输入python,则Anaconda提供的Python解释器会出现.但是我也得到了警告: 警告: 这款Python解释器处于Conda环境中,但尚未激活环境.库可能无法加载.要激活此环境,请参阅 https://conda.io/activation 我没想到会获得此输出.无论如何,VS代码中还有另一个问题.但是首先,我想提到安装Anaconda时检查了"添加到路径",因此没有问题.现在,
6 2024-03-28
编程技术问答社区
在slurm中使用mpirun conda环境的错误
每当我使用mpirun在Active Conda环境中使用mpirun内部批处理脚本时,我会遇到错误(但是,如果我不使用批处理脚本,或者我不在conda环境中,则不会发生此错误). 我有一个简单的测试代码,称为test.py from mpi4py import MPI comm = MPI.COMM_WORLD n_proc = comm.Get_size() proc_id = comm.Get_rank() if proc_id == 0: print('Number of processors = '+str(n_proc)) print('Hello from proc id = '+str(proc_id)) 如果我只是在登录节点中运行mpirun -np 5 python test.py,我会得到预期的结果: Number of processors = 5 Hello from proc id = 0 Hello from proc i
12 2024-03-28
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