在R中对基因列表进行基因本体论(GO)分析(用ENTREZID)?
我对GO分析非常新,我有点困惑如何做我的基因列表. 我有一个基因列表(n = 10): gene_list SYMBOL ENTREZID GENENAME 1 AFAP1 60312 actin filament associated protein 1 2 ANAPC11 51529 anaphase promoting complex subunit 11 3 ANAPC5 51433 anaphase promoting complex subunit 5 4 ATL2 64225 atlastin GTPase 2 5 AURKA 6790 aurora kinase A 6 CCNB2 9133
4 2024-01-26
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使用OWLReady2和Google合作在Python中解析本体
我在" owl"文件(quran_data_full.owl)中有一个本体,然后将其保存在我的Google Drive(Quran corpus)中的文件夹中.我现在想在此本体中执行一些查询,这是我第一次使用本体论文件.因此,我在网上搜索并尝试编写此代码: from owlready2 import * onto_path.append("/gdrive/MyDrive/Quran Corpus") go = get_ontology("/gdrive/MyDrive/Quran Corpus/quran_data_full.owl").load() obo = get_namespace("/gdrive/MyDrive/Quran Corpus/") d = list(default_world.sparql(""" SELECT Distinct ?verse ?text ?word1 ?wordText1 WHERE { ?verse rdf:t
4 2023-12-23
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从xml文件中提取信息作为RDF三元组
任何人都可以推荐一个教程,或者告诉我如何构建一个Java程序,以从XML文件中提取信息,并使用现有本体论将其作为RDF Triples生成OUT.一个例子真的很有帮助. 谢谢 解决方案 有一些即将解决此问题的工具,例如 xsparql .您可以编写一个XSPARQL查询,该查询查询XML并产生RDF三元组作为输出. 这个示例应该非常接近您想要的东西. 其他解决方案 您的问题确实是两个问题: 解析XML 写RDF 对于Java XML解析,网上有许多示例: java and xml -xml-教程 简而> 对于RDF,资源较少,这是一个更专业的领域: 过去,我与 jena - 它提供友好的api 到语义网络堆栈. 其他解决方案 我会推荐 xmltordf java library. XMLTORDF通过使用内置的Java Sax解析器将您的XML文件转换为RDF,提供了令人难以置信的快速转换.大量的配置(带有理智默认值)使调
4 2023-12-22
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RDF模式-如何创建实例?
我想在我的rdfs文件中有课堂实例,但我不知道该怎么做. 我的班级: 我的财产: 我想通过" has_turns"属性获得类"转"的实例. 我尝试了这样的事情: … …但是,主要类是" turn_instance",另一种方式是行不通的.更重要的是,我不知道将财产放在哪里.所有实例都应在RDFS文件中. 解决方案
6 2023-12-21
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如何获得特定语言的DBpedia数据?
我尝试了这个请求 .ASMX/关键Wordsearch?queryClass = film&querystring =变形金刚&maxhits = 1 但是,如果我想以意大利语检索信息? 它还有另一个服务(类似的)可以? 解决方案 您可以使用 dbpedia sparql端点运行查询.例如: PREFIX rdfs: PREFIX rdf: PREFIX foaf: SELECT ?film ?description ?film_name WHERE { ?film rdf:type . ?film foaf:name ?film_name. ?
6 2023-12-02
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本体论和网络
我一直在访问我们通过网络构建的本体方面遇到困难.我一直在努力理解SPARQL,据我所知,尚无对本体学的真正PHP支持.我想知道我是否要尝试构建一个Java Server应用程序,该应用程序会为我访问我的本体论吗?还是可以更轻松的方法?谁能帮助他们自己的知识或良好的阅读参考?我已经搜索和阅读了一段时间,找不到很多东西. 预先感谢您的帮助:) 解决方案 您在这里大约需要两件事.第一个工具使您可以在Web上发布本体,并使其可用于SPARQL查询(= aparql endpoint ).这通常是通过安装三倍并将您的本体添加到该三倍体的方法来完成的. 有各种各样的三重味,对于一些免费和开源的源,可以查看 4Store .有关每个人的三倍解决方案和讨论的更全面的列表,请浏览 answment.semanticweb.com . 设置了三倍体后,您可以使用SPARQL从PHP查询.这里有各种PHP图书馆使您的生活更轻松.例如,有一个 phpsesame ,一个用于远程访问se
4 2023-11-29
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ViSEAGO教程:TopGO对象的可视化
之前,我有发布了一个问题,并且能够成功地加载我的数据并在一些帮助后创建Topgo对象.我正在尝试可视化与鼠标RNA-Seq数据差异表达基因列表显着相关的GO术语. 现在,我想引起人们对 viseago的教程.教程最初指定加载两个文件:'selection.txt'和'Background.txt'.这些文件的来源尚未清楚地说明.但是,经过大量挖掘TopGo的文档,我能够找到每个文件的数据类型.但是,即使遵循这些内容,我也有一个问题运行以下代码.有人可以分享任何见解吗? 工作代码: mysampleGOdata
0 2023-11-20
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实现本体可视化的最佳工具?
我正在寻找可视化本体,以理解和使他人理解.我更喜欢拥有自上而下的课程结构.我已经使用了OntoGraph Protégé>,但是我对数字不满意:(.我也使用了Microsoft Visio和用于Ontology的模板,但这也没有给我留下深刻的印象. 通过这个问题,我想知道哪种是为通用目的和/或出于特定目的可视化本体的最佳工具(例如撰写学术论文). 谢谢. 〜Codera 解决方案 我没有针对您的特定问题的完整答案,但是您可以尝试查看Mike Bergman的工具列表(用于本体可视化). 注意,RDF是一个图形,因此您可以使用任何图形视觉化软件. "仅"需要将RDF映射到特定于工具的模型. 其他解决方案 虽然不是本体特定的工具,但 thejit 是一个非常不错的JavaScript可视化工具包.过去,我用它用于自定义的SEMWEB相关可视化.您不会得到太多的支持,但是如果您不介意放入一些编码时间,则可以获得一些漂亮的图表. 其他解决方案 我强
10 2023-11-20
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在Python中实现RDFLIB图的可视化
我是Python的Rdflib的新手.我发现了此处创建图形的示例.可视化该代码创建的图形的最简单方法是什么? import rdflib # Now we create a graph, a representaiton of the ontology g = rdflib.Graph() # Now define the key words that we will use (the edge weights of the graph) has_border_with = rdflib.URIRef('http://www.example.org/has_border_with') located_in = rdflib.URIRef('http://www.example.org/located_in') # define the things - base level objects that will be the nodes # In this case first
0 2023-11-20
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如何克隆或复制一个Jena-Ontology-Model(OntModel)来应用临时的变化?
我已经搜索了几天的解决方案,并且由于Apache Jena没有论坛,因此我必须在Stackoverflow上创建一个帐户才能询问. 我的问题是,我需要已经加载的本体论的临时(深)副本,即OntModelImpl的对象(有一些导入,但没有任何附加的推论机).其目的是在模型上应用一些验证步骤,该步骤需要一些SPARQL更新查询,以添加一些自动生成的三元组.这些额外的三元组仅用于验证,不应找到原始型号的方式! 对象本身上没有复制或克隆方法,通过我的许多搜索,我在其他任何地方都找不到任何静态(?)方法来实现此目的.取而代之的是,OntModelImpl上有某种"复制构造函数"(并未真正标记),该" copy构造"(OntModelSpec)和Model> Model.我试图以这种方式使用它: workingModel = new OntModelImpl(ontModel.getSpecification(), ontModel); 其中ontModel是OntModelImpl,
14 2023-11-13
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Jena模型中RDF资源的URI
当我在模型中创建资源并打印URI时,我会得到正确的名称空间.例如,URI是 http://www.somesite1.com/rdfdump/resources/resourceid-1 但是,当我将资源导出到 rdf文件(链接到文件),我导入它,我从磁盘中指向文件的物理位置的资源,例如 file:///D:/somefolder/resources/resourceid-1 我正在使用com.hp.hpl.jena.rdf.model.Model与com.hp.hpl.jena.ontology.OntModel结合使用. RDF模型存储资源,我使用OntModel定义了一个本体.以以下方式初始化它们. com.hp.hpl.jena.rdf.model.Model model = ModelFactory.createDefaultModel(); OntModel ontModel = ModelFactory.createOntologyModel(O
24 2023-11-09
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用OWL表示UML图
我有两个类 person 和车辆 拥有作为它们之间的关系. 他们之间存在1 to many,就像一个人可以拥有许多车辆一样.人具有属性"名称"(人名),并且车辆也具有属性"名称"(品牌名称). 问题是如何使用Protege编辑器在OWL中对此进行建模? 如果在'拥有'关系' dateofpurchase '中如何表示这是owl中的这一点? 解决方案 猫头鹰中的对象属性描述了个人之间的关系,而不是类之间的关系.这是一个"借来的" Uri,别无其他.因此,您需要的是重新修复每个语句,例如:PersonA :owns :VehicleB. RDF允许这样做,但是Protégé却没有.因此,这是一个解决方法: 您创建两个对象属性:hasSubjectOfOwns和:hasObjectOfOwns,对于每种情况,您都需要描述dateOfPurchase,定义一个代表语句的个人,并断言: :AownsB :hasSubjectOfOwns :PersonA; :hasObj
8 2023-11-06
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翻译Sidif编织
我在可以找到一个示例: 我能够手动创建类和属性,但我不确定如何在编织中进行关系架构描述样式.例如.如果我有一个"事件"课程,并且想将城市链接起来我该怎么做? 您会在 也可以从 .png . 是否可以将SIDIF文件的域核心转换为编织模式样式? crschema # # Context:CrSchema # CrSchema isA Context "CrSchema" is name of it "http://cr.bitplan.com" is master of it "2020-07-22" is since of it # # Event # Event isA Topic "Event" is name of it "Events" is pluralName of it "a meeting of researchers at a specific time and place" is documentation of it "a meetin
2 2023-11-06
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将UML转换为OWL本体
我试图根据XMI格式介绍的不同UML文件资源开发猫头鹰本体.读一段时间以来,阅读一段时间以来,似乎几乎所有可用的工具或方法都过时了,即使尝试其中一些工具或方法也无法提供预期的结果. 由于该本体论在我们的项目中起着非常重要的作用,因此我想知道什么是最佳的方法/工具来将UML转换为OWL? ? 解决方案 我也自己研究了这个,我没有发现可以做到这一点的工具.我遇到的问题要么是使用旧版本的UML的工具,不支持所有UML功能,而是使用OWL 1而不是OWL 2,并且仅由旧版本的Protege支持. 我通过手工进行翻译而求助,对于大多数UML构造而言,这并不是太难了.为此,我在 uml vs owl 上进行了文章关于为什么在某个原因中完成某些翻译的原因,并提供了将UML转换为猫头鹰的参考. 其他解决方案 现在有一个OMG规格,网址为 https:///www.omg.org/spec/mof2rdf/ 我尚未找到一种直接实施此功能的开源工具(即从UML/XMI转换为OWL/
20 2023-11-06
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使用带有递归JSON的Typescript接口
我正在尝试使用JSON的属性来调整产品的本体.下面提到的JSON结构是我在想的. 每种产品(概念)都有两种类型的属性: 1.数据属性2.对象属性 使用Protege时这些属性的典型定义如下 so thread : 在Protégé中,有不同的选项卡来创建对象属性和数据类型属性.如果财产应将个人与个人联系起来,那么它需要是对象属性,如果它将个人与文字相关联,则需要是数据类型属性. 我认为每个属性具有以下属性: name: string url: string type: dataprop or objprop objPropSource: available only for Objproperties 我已经绘制了一个小的递归json: { "name": "chair", "url": "http://namespace.org#chair", "type": "main", "properties": [ {
12 2023-11-01
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在一个语境中的类,在另一个语境中能否被认为是一个实例?
在像RDF这样的知识表示系统中,基于创建本体论层次结构,可以将类别视为另一个上下文中的类吗? 以包含库目录的三倍的示例.它可能包含以下语句: :Book a rdfs:Class :gullivers_travels a :Book :moby_dick a :Book 这是有道理的,但是在另一种情况下,您可能需要逐项列出 moby dick 的各个版本,因此,它可能也可以将其视为一个类,例如: :moby_dick a rdfs:Class :moby_dick_manuscript a :moby_dick :moby_dick_first_edition a :moby_dick :moby_dick_second_edition a :moby_dick 由于:moby_dick被视为类或实例,这是否意味着两组陈述不会在不引起逻辑不一致的情况下共存? 这个问题确实就是这样. 这是RDF中的设计限制,还是在逻辑上可行的方式来建模上述关系?
6 2023-10-30
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有限制的OWL类型推理
我正在使用FACT ++和一个微不足道的本体来研究猫头鹰限制的概念.假设我有一个单独的foo class Something: :Something a owl:Class. :foo a :Something, owl:NamedIndividual. 和另一类根据hasBar属性的限制来定义: :hasBar a owl:ObjectProperty. :SomethingElse owl:equivalentClass [a owl:Restriction; owl:onProperty :hasBar; owl:allValuesFrom :Something]. 如果我断言: :x :hasBar :foo. 为什么我不能从中推断出x是SomethingElse(通过foo是Something)?我唯一可以
8 2023-10-30
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提取一个给定节点的所有父节点
我正在尝试使用 ebi-rdf sparql端点,我基于>这个 两个类似的问题查询,这里有两个示例说明了问题: 示例1 (链接到结构): biological_process (GO:0008150) |__ metabolic process (GO:0008152) |__ methylation (GO:0032259) 在此示例中,使用以下查询: PREFIX rdf: PREFIX rdfs: PREFIX owl: PREFIX xsd: PREFIX dc:
6 2023-10-26
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如何提高处理维基百科数据和大量网页时的性能?
我应该使用Wikipedia的文章链接数据转储从组织的网站中提取代表性术语. 为了实现这一目标,我 - 爬行并下载了组织的网页. (〜110,000) 创建了Wikipedia ID和条款/标题的字典. (约4000万记录) 现在,我应该使用字典处理每个网页以识别术语并跟踪其术语ID和频率. 为了使字典适合内存,我将字典分配为较小的文件.根据我对小型数据集的实验,上述处理时间大约为75天. 这仅适用于1个组织.我必须为其中40多个做同样的事情. 实施 - 将字典存储在内存中的hashmap. 使用Boyer-Moore搜索实现. 为每个网页重复上述内容,并将存储在hashmap中. 我尝试优化代码并调整JVM以提高性能. 有人可以为实施以上的更有效的方法提供建议,将处理时间减少到几天. Hadoop是一个考虑的选择? 解决方案 基于您的问题: Number of Documents = 110000 Diction
0 2023-10-19
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如何找到一篇文章所涉及的wikidata(或freebase或DBpedia)主题列表?
我正在寻找一种解决方案,以提取文本(或HTML)文档的概念列表.我希望这些概念是Wikidata主题(或freebase或dbpedia). 例如," bad是Mikael Jackson 的歌",应该返回Michael Jackson(艺术家,Wikidata Q2831)和Bad(这首歌,Wikidata Q275422).如本示例所示,该系统应该对拼写错误(Mikael)和模棱两可(不好). . 理想情况下,系统应跨多种语言起作用,它应该在短文本和长文本上起作用,并且当不确定它应该返回多个主题(例如Bad Song + Bad专辑).另外,理想情况下应该是开源的,并具有python api. 是的,这听起来像是圣诞老人的清单.有什么想法吗? 编辑 我检查了一些解决方案,但是到目前为止还没有银色子弹. nltk解析文本和提取"命名实体"(afaiu,句子的一部分,指的是名称),但它不会返回wikidata主题,只是纯文本.这意味着它可能不明白" 我射
10 2023-10-19
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